1997년 대학원 설립을 위한 예비모임이 시작되었고, 1998년에 설립추진위원회가 결성되어 추진위원장으로 손인웅목사가 선임되었습니다. 한국교회의 개혁과 통합에 기여하고자 은준관 박사와 손인웅 목사를 중심으로 가칭 실천신학대학원 설립추진위원회가 결성되었습니다. 1999년 대표회장으로 은준관 박사가 선임되었고 같은 해 실천신학대학원교회가 창립되었습니다. 2000년 실천신학대학원대학교 설립총회가 이루어져 초대이사장 은준관 박사를 중심으로 설립준비가 이루어졌고, 이후 2002년 학교법인실천신학대학원이 허가를 받았습니다. 2004년에 교사 건축을 완공하였고 그해 대학원대학교 설립허가도 득했습니다. 이후 2005년 3월 학교가 개교하였습니다. 학위 과정은 실천신학 석사(ThM), 실천신학 박사(PhD), 실천신학 통합(ThD) 세 과정으로 실천신학 석사는 교회 공동체 사역과 전문목회 훈련에 초점을 맞춥니다. 실천신학 박사와 실천신학 통합 과정은 목회와 사회, 예배와 설교, 교회와 교육, 선교와 봉사의 분야로 시작하였습니다.

한국기독교목회자협의회 대표회장 등을 역임한 손인웅 목사는 2016년 제4대 총장에 취임하였습니다. 손인웅 총장은 재임기간중 교회론과 목회신학을 통해 한국교회 목회자들이 목회 본질을 재확인하고 바른 목회의 길을 찾을 수 있도록 최선을 다하였습니다. 2017년 6월에 박원호 박사가 실천신학대학원대학교 5대 총장으로 취임하였습니다. 박원호 박사는 206년 역사를 지니고 미국 남장로교를 대표하는 미국 유니온 신학대학원에서 아시아인 최초로 ‘장한동문상’을 받았습니다. 실천신학대학원대학교의 법인은 한국교계를 대표하는 분들을 중심으로 건실하게 한국교회를 이끌어오며 바람직하게 발전해 왔습니다. 오늘에 이르기까지 세상을 회복하는 하나님의 통치가 이뤄지도록 실천신학대학원대학교 교직원들과 이사진 모두는 최선을 다하고 있습니다.